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      SMN1基因外显子(zǐ)缺失(shī)检测试剂产品审(shěn)评现状

      发布时间:2018-10-24
      浏(liú)览次数(shù):6541

             脊髓(suǐ)性肌萎缩症(spinalmuscularatrophy,SMA)是一种常染(rǎn)色体隐性遗传(chuán)病,居儿童致死性常染(rǎn)色体隐性(xìng)遗传病的第2位。位于染(rǎn)色体5q11.2~q13.3上的运动神经元(yuán)存(cún)活基因(Survivalmotorneuron,SMN)是(shì)SMA的主要致病(bìng)基因。

        人基因(yīn)组有两个紧邻的高度同源的SMN基(jī)因:端粒侧的SMN1和(hé)着(zhe)丝(sī)粒侧的SMN2,两者仅(jǐn)有5个碱基不同。SMN1是主要功(gōng)能基因(yīn),该基因突变可导致SMA发病,SMN2为临床(chuáng)表型的调节基因(yīn),影响病情(qíng)的严(yán)重程度,其拷贝(bèi)数(shù)增(zēng)加可(kě)减轻SMA表型。目前已知(zhī)约94%的SMA患者为SMN1基因第7和(或)第8外显子纯(chún)合缺失所(suǒ)致,少数(shù)病例可由SMN1基(jī)因(yīn)点(diǎn)突变或小的缺失引(yǐn)起。

        SMN1基因外显子缺失检测(cè)的意义

        SMA在(zài)人(rén)群中的发病率为(wéi)1/5000~1/10000,群体携(xié)带(dài)者频率为1/35~1/50,是出生缺陷的高危因素,因此极有必要进行SMA携带者的人群筛查,并通过产前诊断技术(shù)降低人群中SMA患(huàn)儿的出(chū)生率。

        临床上(shàng)将SMA分为Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ型(xíng),即婴儿型、中间型和少年型,严重程度依次递减。神经专(zhuān)科(kē)医(yī)生(shēng)一(yī)般根据患者发病年龄、临床表现及病情进(jìn)展程度进(jìn)行临床诊断,辅(fǔ)助检查方法包括肌电图(tú)、肌酶(méi)和肌肉(ròu)活检(jiǎn),结合(hé)家族史和SMN1基因分析可(kě)进行确诊。由于SMA患(huàn)儿中约94%为SMN1基(jī)因外显子纯合缺失(shī),因此,SMN1基因缺失检测(cè)对(duì)于SMA的诊断具有更高的灵敏度(dù)和特异性。且对不同型的SMA患者,SMN1纯合缺失率没有显著差异,所以,SMN1纯合缺失的检(jiǎn)测对于不(bú)同型SMA患者具有(yǒu)相同的临床诊断(duàn)价值。在欧(ōu)美人群中,SMN1基因(yīn)纯合缺(quē)失检(jiǎn)测已成为(wéi)诊断和排(pái)除诊断SMA的首选方法。

        SMN1基因缺失检(jiǎn)测试剂的现(xiàn)状

        目前,SMN1基因外显子(zǐ)缺(quē)失检测试剂(jì)较为缺乏,临床检验实验室(shì)较(jiào)为公(gōng)认的方法是PCR结合限制性片段长度(dù)多态性(PCR-RFLP)的方法。但该方(fāng)法操作较(jiào)为繁琐,且重复性差,不(bú)利于标准(zhǔn)化,不(bú)易推广。同时,这种方(fāng)法只能检测出纯(chún)合缺失,无法确认杂(zá)合缺失。

        荷兰的SMAMLPA检测试剂可对待测(cè)靶序(xù)列进行半定量分析(xī),因此既可检测纯合(hé)缺(quē)失,亦(yì)可确认杂合缺失。在国(guó)内(nèi)外(wài)已有多篇文(wén)献(xiàn)报道采(cǎi)用该方法进行SMA患(huàn)者诊断和SMA携带(dài)者筛查。但该(gāi)产(chǎn)品目前仍为“仅用于研究”的试剂,尚未按照体外诊断(duàn)类(lèi)医疗器械上市(98/79/EC)。

        2015年底,原国家食品药品监管总局批准了(le)第一项(xiàng)SMN1缺失突变检(jiǎn)测试剂上(shàng)市。该产品采用多重实时(shí)荧光MGB-TaqMan探针PCR法(fǎ),以(yǐ)人(rén)基(jī)因组单拷贝(bèi)基因RPP40为内参基(jī)因,对SMN1基因第7外显子和第8外显子拷贝数进行相(xiàng)对定量检测,用于SMA患(huàn)者的体外辅助分子诊断。SMN1基因外显子缺(quē)失检(jiǎn)测的难点(diǎn)之一在于排除高同(tóng)源(yuán)性(xìng)基因SMN2的干扰,特别是对于(yú)SMN2高拷贝数的受试者,需保证(zhèng)结(jié)果的(de)准确可靠。该产品通过对实时荧光PCR相对定量(liàng)、绝对(duì)定量(liàng)技术进行(háng)系(xì)统整合,并在反应体系中加入特(tè)定化学组(zǔ)分,以抑制(zhì)PCR引(yǐn)物3’端的胞嘧啶(dìng)(C)与胸腺嘧啶(T)的错(cuò)配,增加PCR扩(kuò)增的特异性,从而有效控制SMN2基因(yīn)非特异性扩增对检测结果的(de)影响,准确(què)检出高(gāo)拷贝数SMN2样(yàng)本中(zhōng)SMN1基因(yīn)第(dì)7和(hé)第8外(wài)显子(zǐ)的缺失(shī)情况。

        鉴于(yú)国内外尚无任(rèn)何按照体外诊断(duàn)试剂批准上市的SMA分子(zǐ)诊(zhěn)断产品,因此(cǐ)临床试验方(fāng)案中依据(jù)EMQN关于(yú)《SMA分子诊(zhěn)断最(zuì)佳实践指南》,采用了国内外SMA体外辅助分(fèn)子诊(zhěn)断领域公认(rèn)的(de)PCR-RFLP法作为对(duì)照方法。临床试验共(gòng)完成(chéng)1069例(lì),其中(zhōng)正(zhèng)常对照组777例(lì),SMA病例(lì)组292例(lì),统(tǒng)计分析结果(guǒ)显示申报产品与对比方法检测结果的一致性为100%(95%置信区间:99.66%~100%)。此外,9747例正常成年(nián)人大(dà)样本中目标外(wài)显子△△Ct分布范围的调(diào)查亦显示,该产品的纯合突变判断界值设(shè)置合理(lǐ)。

        该试剂目(mù)前批准(zhǔn)的预期用途仅包含纯(chún)合(hé)缺失的检测,尚(shàng)不能用于杂合缺(quē)失的检测,因此无法用(yòng)于(yú)SMA携(xié)带者的筛查(chá),这是该产品的缺(quē)陷之一(yī)。

        事实上(shàng),该产品在(zài)设计(jì)上(shàng)已考虑到SMA携带者的检测,其检测(cè)原理是以待测(cè)样本中目标(biāo)外显子荧光信号Ct值与内参基(jī)因荧(yíng)光信号Ct值(zhí)之差(chà)(△Ct_s),与(yǔ)正(zhèng)常(cháng)对照品三个(gè)梯度稀释品中(zhōng)目标外显子(zǐ)荧光信号Ct值和内参基因荧光信号(hào)Ct值(zhí)之差的平均值(△Ct_a)之差,即△△Ct,作为待测样本(běn)中(zhōng)目标外显子拷贝(bèi)数检(jiǎn)测变量(△△Ct=△Ct_s-△Ct_a)。根据实时荧光定量(liàng)PCR相对定量的基本(běn)数学原理推导(dǎo)得到(dào)申报产(chǎn)品检测变(biàn)量(liàng)△△Ct的计算公式,依(yī)据(jù)这(zhè)一计算公式可推(tuī)导出纯合缺失、杂合(hé)缺失和野生型的(de)△△Ct理(lǐ)论值(或(huò)范围(wéi));再结合目标外(wài)显(xiǎn)子(zǐ)与内参基因扩增效率差异以(yǐ)及SMN2不同拷贝数的影响,可对上述△△Ct理(lǐ)论(lùn)值进行(háng)优化。结果(guǒ)显示纯合(hé)缺失、杂合(hé)缺失和(hé)野生型(xíng)的△△Ct值(或范围)之(zhī)间(jiān)可设置合理(lǐ)的判断界值,因此理论上该产品可分(fèn)别(bié)检(jiǎn)测出三种基(jī)因状态。但(dàn)鉴于生产企业对杂合缺失与野(yě)生型之间的判断(duàn)界值研(yán)究尚不透彻,再加上缺乏(fá)可判定杂合缺失的对比方(fāng)法等(děng)其他困难,本次(cì)注册申请的预期用途(tú)仅限于检(jiǎn)测纯合突变,即SMA患(huàn)者辅助诊断。

        综上,SMN1基因外(wài)显子缺失检测(cè)在SMA疾病诊断和SMA携(xié)带者筛查中具有重(chóng)要的临床(chuáng)价值。然(rán)而(ér)到目前为(wéi)止,受到技术水平的限(xiàn)制,相关的体(tǐ)外诊断试剂比较缺(quē)乏,特别是可用(yòng)于SMA携带者(zhě)筛查的(de)杂合缺失(shī)检测(cè),尚无适合的体(tǐ)外诊断试剂上(shàng)市。(器审(shěn)中心审评六(liù)部  何(hé)静云)

      来源:中国医药(yào)报

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